L'expression signifie faire toute une affaire de quelque chose qui n'est pas très important. L'origine de l'expression vient du XXème siècle. En effet, partir du lait (un élément simple) afin d'en faire un fromage (un élément travaillé) veut dire que l'on peut modifier quelque chose de simple en complexe. Source : En faire tout un fromage : signification et origine de l’expression (linternaute.fr)